Berdasarkan Peraturan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 3 Tahun 2015

Biro Umum dan Protokol Sekretariat Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta terdiri dari :

Bagian Administrasi terdiri dari  :

1. Sub Bagian Tata Persuratan dan Arsip
2. Sub Bagian Tata Usaha Biro
3. Sub Bagian Keuangan

Bagian Pelayanan terdiri dari :

1. Sub Bagian Rumah Tangga  dan Sarana Prasarana
2. Sub Bagian Kendaraan
3. Sub Bagian Sandi dan Telekomunikasi

Bagian Protokol terdiri dari :

1. Sub Bagian Upacara
2. Sub Bagian Tamu
3. Sub Bagian Tata Usaha Pimpinan